Охрана водных ресурсов в процессе их сельскохозяйственного использования предусматривает проведение мероприятий не только по рациональному использованию и экономии воды, но и сохранению ее качества. Одна из мер – решение проблемы с загрязнением водоемов отходами животноводства, которое может быть очень значительным: один свинокомплекс на 108 тыс. голов или комплекс крупного рогатого скота на 35 тыс. голов дает загрязнение, эквивалентное отходам крупного города с населением 400-500 тыс. человек. Необходимо своевременно утилизировать навоз, создавать валы для перехвата загрязненных им сточных вод, определять места для водопоя скота и соблюдать другие элементарные мероприятия по сокращению и прекращению сбросов отходов животноводства. Навозонакопители должны иметь изолированные секции для выдерживания навоза и обезвреживания его от патогенных микроорганизмов, при этом надо учитывать Гидрогеологические условия, исключающие фильтрацию навозной жижи в грунтовые воды.
